Angkatan Julian Nagelsmann terlebih dulu mendahului separuh masa pertama menerusi Serge Gnabry dan Robert Lewandowski bagi meletakkan tuan rumah 2-0.
Emre Can kemudian mengurangkan defisit skuad asuhan Marco Rose dengan gol pada minit ke-52, selepas menyempurnakan sepakan penalti susulan terjahan lewat Joshua Kimmich sebelum Jamal Musiala meledak gol ketiga tuan rumah pada minit ke-83.
Keputusan itu menyaksikan Bayern, 12 mata di depan Dortmund di tempat kedua, kini memenangi 31 kejuaraan Bundesliga sejak pengenalan divisyen teratas pada 1963.
Kejayaan mengesahkan status kejuaraan liga itu merupakan satu-satunya trofi tunggal musim ini diraih di hadapan 75,000 penyokong sendiri sekali gus menebus kekalahan mengejut suku akhir Liga Juara-Juara kepada sensasi La Liga Sepanyol, Villarreal awal bulan ini.